Mehmet Çelebi Dönemi’nin içteki önemli olaylarından biri Şeyh Bedreddin isyanıdır. Fetret Devri’nin bunalımlı ortamını değerlendiren Şeyh Bedreddin, devlet otoritesine karşı çıkmış ve 1419 yılında müritleri Torlak Kemal ve Börklüce Mustafa ile İzmir ve Manisa’da ayaklanma başlattı. Sadrazam Beyazıt Paşa ayaklanmaları bastırdı. Şeyh Bedrettin kendisi hakkında Osmanlı Devleti’nin soruşturma başlatması üzerine İznik’ten Balkanlar’ın Deliorman Bölgesi’ne kaçarak isyan çıkardı. İsyan kısa zamanda bastırıldı. Şeyh Bedreddin yakalanarak Serez’de yargılandı ve idam edildi.

Şeyh Bedreddin Olayı, Osmanlı Devleti’nde ilk dini ve sosyal içerikli isyandır. Anadolu Selçuklu dönemindeki Baba İshak isyanıyla benzerlik gösterir.